Image J / Fiji. Análisis de imágenes para su aplicación en investigación y en la clínica sanitaria

Objetivo

El curso está dirigido a profesionales de la Biomedicina que demandan conocimiento sobre el procesado y análisis de imágenes mediante el software de libre distribución ImageJ/Fiji. Se analizará el lenguaje de «macros» que permite llevar a cabo tareas específicas en problemas concretos sin requerir un conocimiento avanzado de programación.

Inscripciones

Número máximo de alumnos por orden de inscripción: 25

INSCRIPCIÓN

Inscripción gratuita para profesionales de IRYCIS, Hospital Universitario Ramón y Cajal y Área 4 de Atención Primaria. 300 € en concepto de matrícula para los alumnos ajenos al IRYCIS.

Forma de Pago: Transferencia bancaria
Beneficiario: Fundación para la Investigación Biomédica del H.U. Ramón y Cajal - FIBioHRC
La Caixa: ES90 2100 5731 7502 0014 2354
Concepto: IMAGE J
Ordenante: Nombre del asistente

Solicitada acreditación de los cursos a la Comisión de Formación Continuada de la CAM-SNS.

Organización

Coordinación: Rebeca Busto Durán-IRYCIS

Lugar

Hospital Universitario Ramón y Cajal - Pabellón Docente.
Aula de Informática (planta 1ª)

Fechas/Horario

29 y 30 de mayo y 3, 4, 5 y 6 de junio de 2024
15:30 a 19:00 (21 horas lectivas)

Nº máximo de alumnos

25

Programa

Horario

Contenido

Profesorado

29/5/2024

15:30-19:00

Introducción al procesado de la imagen microscópica. Análisis con ImageJ/Fiji

  1. ¿Qué es la imagen digital?
  2. Imagen en color
  3. Análisis de imágenes microscópicas con ImageJ/Fiji
  4. Formatos de imagen biomédica con ImageJ/Fiji
  5. Opciones de edición con ImagJ/Fiji

Gloria Bueno

30/05/2024

15:30-19:00

Preprocesado de la imagen

  1. Realce de la imagen.
  2. Operaciones aritméticas, lógicas y morfológicas aplicadas a la imagen.
  3. Filtrado Espacial y Frecuencial: Reducción de ruido y suavizado de la imagen.
  4. Análisis del color - unmixing.

Técnicas de segmentación de imágenes

  1. Detección de regiones de interés mediante análisis de características homogéneas.
  2. Detección de contornos y bordes en regiones de interés.

Prácticas de preprocesado y segmentación con ImagJ/Fiji

Gloria Bueno

03/06/2024

15:30-19:00

Caracterización de regiones

  1. Cuantificación de regiones
  2. Caracterización de regiones por textura, color, forma y otras características representativas.

Técnicas de registro o alienación de imágenes

  1. Registro rígido y deformable de imágenes.

Gloria Bueno

04/06/2024

15:30-19:00

Instalación de macros y plugins de interés

  1. Ajuste de escala en un stack y en un directorio con imágenes.
  2. Autoenfoque automático.
  3. Deconvolución de color.

Programación con macros y macros avanzadas

  1. Variables, bucles y comandos de ImageJ/Fiji.
  2. Medidas estadísticas en un stack.
  3. Automatización de tareas con ImageJ/Fiji.
  4. Macros avanzadas, tools y Diálogos.
  5. Extracción de imágenes de un stack

Gloria Bueno

05/06/2024

15:30-19:00

Herramientas de Inteligencia Artificial

  1. Conceptos esenciales de la inteligencia artificial
  2. Inteligencia artificial con ImageJ/Fiji.
  3. Modelos de detección y clasificación

Jesus Ruiz-Santaquiteria

06/06/2024

15:30-19:00

Planteamiento y resolución de casos prácticos

  1. Detección y caracterización geométrica y morfológica de vasos en imágenes histológicas.
  2. Casos prácticos usando inteligencia artificial
  3. Casos específicos planteados por los asistentes.

Jesus Ruiz-Santaquiteria

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