Image J / Fiji. Análisis de imágenes para su aplicación en investigación y en la clínica sanitaria

Objetivo

El curso está dirigido a profesionales de la Biomedicina que demandan conocimiento sobre el
procesado y análisis de imágenes mediante el software de libre distribución ImageJ/Fiji. Se analizará el lenguaje de «macros» que permite llevar a cabo tareas específicas en problemas concretos sin requerir un conocimiento avanzado de programación.

Inscripciones

Inscripción gratuita para profesionales de IRYCIS, Hospital Universitario Ramón y Cajal y Área 4 de Atención Primaria. 100 € en concepto de matrícula para los alumnos ajenos al IRYCIS en aquellos cursos que tengan una duración igual o inferior a 10 horas lectivas. 200 € para aquellos cursos de duración comprendida entre las 11 y las 20 horas totales, y 300 € para todos aquellos cursos de duración superior a 20 horas lectivas.

Forma de Pago: Transferencia bancaria
Beneficiario: Fundación para la Investigación Biomédica del H.U. Ramón y Cajal - FIBioHRC
La Caixa: ES90 2100 5731 7502 0014 2354
Concepto: IMAGE J
Ordenante: Nombre del asistente

Solicitada acreditación de los cursos a la Comisión de Formación Continuada de la CAM-SNS.

Organización

Coordinación: Rebeca Busto Durán-IRYCIS

Lugar

Hospital Universitario Ramón y Cajal - Pabellón Docente.
Aula de Informática (planta 1ª)

Fechas/Horario

1, 2, 6, 7, 8 y 9 de junio de 2022 
15:30 a 19:00 horas (21 horas lectivas)
 

Nº máximo de alumnos

25

Formulario de inscripción

* Los campos son obligatorios

Perteneces al IRYCIS*

Programa

Horario

Contenido

Profesorado

01/6/2022

15:30-19:00

Introducción teórica de la imagen digital. Introducción Práctica del análisis con ImageJ/Fiji

  1. ¿Qué es la imagen digital?

  2. Imagen en color

  3. Análisis de imágenes microscópicas con ImageJ/Fiji

  4. Formatos de imagen biomédica con ImageJ/Fiji

  5. Opciones de edición con ImagJ/Fiji

  6. Ajustes y definición de escala en ImageJ/Fiji

Gloria Bueno

02/06/2022

15:30-19:00

Preprocesado de la imagen

  1. Realce de la imagen.

  2. Operaciones aritméticas, lógicas y morfológicas aplicadas a la imagen.

  3. Filtrado Espacial y Frecuencial: Reducción de ruido y suavizado de la imagen.

  4. Análisis del color - unmixing.

Técnicas de segmentación de imágenes

  1. Detección de regiones de interés mediante análisis de características homogéneas.

  2. Detección de contornos y bordes en regiones de interés.

Prácticas de preprocesado y segmentación con ImagJ/Fiji

Gloria Bueno

06/06/2022

15:30-19:00

Caracterización de regiones

  1. Cuantificación de regiones

  2. Caracterización de regiones por textura, color, forma y otras características representativas.

Técnicas de registro o alienación de imágenes

  1. Registro rígido de imágenes.

  2. Registro deformable de imágenes.

Gloria Bueno

07/06/2022

15:30-19:00

Instalación de macros y plugins de interés

  1. Ajuste de escala en un stack y en un directorio con imágenes.

  2. Autoenfoque automático.

  3. Deconvolución de color.

Programación con macros

  1. Definición de variables. Pasar de variables a comandos de ImageJ/Fiji.

  2. Implementación de bucles y prácticas.

  3. Medidas estadísticas en un stack.

  4. Automatización de tareas con ImageJ/Fiji.

Gloria Bueno

08/06/2022

15:30-19:00

Programación de macros avanzadas

  1. Macros con archivos.

  2. Macro Tools y Diálogos.

  3. Extracción de imágenes de un stack.

Gloria Bueno

09/06/2022

15:30-19:00

Planteamiento y resolución de casos prácticos

  1. Detección y caracterización geométrica y morfológica de vasos en imágenes histológicas.

  2. Casos específicos planteados por los asistentes.

Gloria Bueno

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