Biomarcadores y dianas terapéuticas basados en miRNAs

Responsable

Elisa Conde Moreno

Personal

Edurne Ramos Muñoz (TGS. Lab)

Lorena Crespo Toro (TGS. Lab)

Sandra Villatoro Gómez (TGS. Lab)

Contacto

ucamirnas(ELIMINAR)@gmail.com

Destacables
- Han desarrollado un método de diagnóstico y pronóstico de fracaso renal agudo protegido por dos familias de patente (P200901825 y P2011320232), ambas con entrada en fases nacionales en ocho países.
- Están desarrollando el uso del miR-127 como nuevo agente terapéutico en fibrosis renal, protegido por la patente EP 16 382 399.0, concedida en EEUU y Europa.
- Están desarrollando el uso de miR-326 como nuevo agente terapéutico en cáncer, protegido por la patente EP22383047.2.
- Proyectos nacionales:
  - DTS22/00101 "Multiplataforma para la medicina de precisión en el cáncer de recto (MIRaMut).
  - Proyecto de colaboración Público-Privada del Ministerio de Ciencia e Innovación, PanCaTEST: "Development and clinical validation of a genetic signature for non-invasive diagnosis of pancreatic cancer and precursor lesions".
- Proyectos internacionales:
  - Proyecto EATRIS-Plus (H2020-INFRADEV-2019-2, 4. 9 M€) dedicado a la identificación y validación de biomarcadores para uso clínico, particularmente miRNAs.
  - Proyecto "REMEDI4ALL: Building a Sustainable european innovation platform to enhance the repurposing of medicines for all." (HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04), 25 M€, dedicado al reposicionamiento de fármacos basado en biomarcadores fiables.
- Servicios de carácter claramente traslacional con experiencia en patología renal, preservación renal, oncología, sepsis, cardiología, etc.

Equipamiento

Tres equipos para qRT-PCR (Lightcycler 480)
Termociclador convencional (2720 Thermal Cycler, Applied Biosystems)
Equipo para hibridación in situ (DAKO)
Equipo para cuantificación de ácidos nucleicos: Bioanalyzer, NanoDrop, Qubit 4 Fluorometer
Microtomo y baño para bloques de parafina
Espectofotómetro (Multiskan Go, Thermo)

Termobloque (ThermoMixer F1.5, Eppendorf)
Microscopio invertido de fluorescencia con cámara y ordenador aclopados
Unidad de Cultivos Celulares: campanas de flujo laminar P2, incubadores regulares de CO2, incubador de hypoxia, baño termostatizado, microscopio de luz invertido, electroporador y tanque de nitrógeno

Servicios

1	Extracción de RNA	**Extracción de RNA total enriquecido en RNAs pequeños (tejido, tejido parafinado, células, suero, plasma, otros biofluidos)***
		1.1 Extracción de miRNAs mediante kit de columnas QIAGEN (celulas, tejidos, sueros, plasmas, saliva, humor acuoso, orina, exosomas, sobrenadantes celulares, etc.)
		1.2 Extracción de miRNAs mediante kit de columnas NORGEN (celulas, tejidos, sueros, plasmas, saliva, humor acuoso, orina, exosomas, sobrenadantes celulares, etc.)
		1.3. miRNAs en Tejido parafinado (Extracción RNA) QIAGEN
		1.4. miRNAs o GENES de células: (Extracción RNA ) TRIPURE
		1.5. miRNAs o GENES en Tejido congelado : (Lisis y Extracción RNA) TRIPURE
		1.6. Purificación RNA Columnas Amicon
	*Puede llevar asociado costes de cortes de tejido parafinado
2	CUANTIFICACIÓN DE ACIDOS NUCLEICOS Y ESTUDIO DE INTEGRIDAD	*Cuantificación y estudio de integridad de ácidos nucléicos aislados de tejido, tejido parafinado, células, suero, plasma y otros biofluidos**
		2.1. Cuantificación en Nanodrop
		2.2.Qubit RNA HS Assay Kit
		2.3. Qubit RNA BR Assay Kit
		2.4. Qubit 1x dsDNA HS Assay Kit
		2.5. Qubit dsDNA BR Assay Kit
		2.6. Qubit Integridad IQ de ARN
		2.7. TapeStation High Sensitivity RNA
		2.8. TapeStation RNA
		2.9. TapeStation High Sensitivity DNA
		2.10. TapeStation DNA
		2.11. BioAnalyzer Agilent 2100 Small RNA
		2.12. BioAnalyzer Agilent RNA 6000 Pico Kit RNA
		2.13 BioAnalyzer Agilent High Sensitivity DNA
		2.14. Integridad Geles agarosa
	*Puede llevar asociado costes de cortes de tejido parafinado
3	ARRAY de miRNAS	Cribado de miRNAs por qPCR con sondas LNA en diferentes configuraciones de paneles.
		3.1. ARRAY de miRNAS: Retrotranscripción y panel I+II (768 miRNAs)
		3.2. ARRAY DE miRNAS: Panel I (384 miRNAs)
		3.3. ARRAY DE miRNAS: Retrotranscripción y panel 179 miRNas

		3.4. ARRAY DE miRNAS: Retrotranscripción y panel 84 miRNas
3.B	*ARRAY de miRNAS excluyendo coste de paneles.*	Cribado de miRNAs por qPCR con sondas LNA en diferentes configuraciones de paneles . En esta modalidad será el cliente el encargado de la gestión de compra y del coste de los paneles.
		3.B.1. ARRAY de miRNAS: Retrotranscripción y panel I+II (768 miRNAs)
		3.B.2. ARRAY DE miRNAS: Panel I (384 miRNAs)
		3.B.3. ARRAY DE miRNAS: Retrotranscripción y panel 179 miRNas

		3.B.4. ARRAY DE miRNAS: Retrotranscripción y panel 84 miRNas
4	*PCRs miRNAs*	*Retrotranscripcion y determinación de miRNAs por qRT-PCR*
		4.1a. Retro Transcripcion (20ul) *Qiagen*
		4.1b. Retro Transcripcion (10ul) *Qiagen*
		4.2. Determinación de miRNAs por qPCR con Sondas LNA *Qiagen**
		* Sonda LNA para miRNAs (200 rxns) Qiagen
		4.3. Retro transcripción (Sondas *TaqMan*, Química Clásica)
		4.4. Determinación de miRNAs por qPCR (Sondas *TaqMan, Química Clásica)
		* Sondas *TaqMan* para RT y qPCR, para 50 reacciones por miRNA a estudiar
		4.5. Retro transcripción (Sondas *TaqMan*, Química Advance)
		4.6. Determinación de miRNAs por qPCR (Sondas *TaqMan, Advance)
		* Sondas *TaqMan* para RT y qPCR, para 50 reacciones por miRNA a estudiar
5.	*PCRs Genes*	*Retrotranscripcion y determinación de GENES por qRT-PCR*
		5.1. Retrotranscripción (20ul) Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit, *Roche*.
		5.2. Determinación de GENES por qRT-PCR SYBR Green *Roche**
		* Sondas Fw + Rev *Roche* 750 rxn por gen a estudiar
		5.3. Retrotranscripción (20ul) *TaqMan*.
		5.4. Determinación de GENES por qRT-PCR *TaqMan**
		*TaqMan qPCR Mix + Sondas 250 rxn por gen a estudiar
6.	*digital PCR*	*Retrotranscripcion y determinación de miRNAspor dPCR (TaqMan)*
		6.1. Retro transcripción (Sondas *TaqMan*, Química Clásica)
		6.2. Determinación de miRNAs por dPCR (UNIV DNA dPCR MIX MAP16) TaqMan*
		* Sondas *TaqMan* para RT y qPCR, para 50 reacciones por miRNA a estudiar
7.	*nCounter (NanoString)*	*Cribado de miRNAs mediante NanoString Technologies nCounter en diferentes configuraciones de paneles.*
		7.1. Panel nCounter human miRNAs
		7.2. Panel nCounter mouse miRNAs
*7.B*	*nCounter (NanoString) excluyendo coste de paneles.*	Cribado de miRNAs mediante NanoString Technologies nCounter en diferentes configuraciones de paneles. En esta modalidad será el cliente el encargado de la gestión de compra y del coste de los paneles.
		7.B.1. Panel nCounter human miRNAs
		7.B.2. Panel nCounter mouse miRNAs
8	*Asesoría técnica y apoyo técnico*	Asesoramiento relacionado con tecnología GC-MS. Puesta a punto de nuevos protocolos. Formación e implementación de técnicas específicas. Soporte técnico y metodológico.