Introducción teórica de la imagen digital. Introducción Práctica del análisis con ImageJ/Fiji

• ¿Qué es la imagen digital?
• Imagen en color
• Análisis de imágenes microscópicas con ImageJ/Fiji
• Formatos de imagen biomédica con ImageJ/Fiji
• Opciones de edición con ImagJ/Fiji
• Ajustes y definición de escala en ImageJ/Fiji

Preprocesado de la imagen

• Realce de la imagen.
• Operaciones aritméticas, lógicas y morfológicas aplicadas a la imagen.
• Filtrado Espacial y Frecuencial: Reducción de ruido y suavizado de la imagen.
• Análisis del color - unmixing

Técnicas de segmentación de imágenes

• Detección de regiones de interés mediante análisis de características homogéneas.
• Detección de contornos y bordes en regiones de interés.

Prácticas de preprocesado y segmentación con ImageJ/Fiji

Caracterización de regiones

• Cuantificación de regiones
• Caracterización de regiones por textura, color, forma y otras características representativas.

Técnicas de registro o alineación de imágenes

• Registro rígido de imágenes.
• Registro deformable de imágenes.

Instalación de macros y plugins de interés

• Ajuste de escala en un stack y en un directorio con imágenes.
• Autoenfoque automático.
• Deconvolución de color.

Programación con macros

• Definición de variables. Pasar de variables a comandos de ImageJ/Fiji.
• Implementación de bucles y prácticas.
• Medidas estadísticas en un stack.
• Automatización de tareas con ImageJ/Fiji.

Programación de macros avanzadas

• Macros con archivos.
• Macro Tools y Diálogos.
• Extracción de imágenes de un stack

Planteamiento y resolución de casos prácticos

• Detección y caracterización geométrica y morfológica de vasos en imágenes histológicas.
• Casos específicos planteados por los asistentes.