Image J / Fiji

Objetivo

El curso está dirigido a profesionales de la Biomedicina que demandan conocimiento sobre el
procesado y análisis de imágenes mediante el software de libre distribución ImageJ/Fiji. Se analizará el
lenguaje de «macros» que permite llevar a cabo tareas específicas en problemas concretos sin requerir un
conocimiento avanzado de programación.

Inscripciones

Inscripción gratuita para profesionales de IRYCIS, Hospital Universitario Ramón y Cajal y Área 4 de Atención Primaria. 100 € en concepto de matrícula para los alumnos ajenos al IRYCIS en aquellos cursos que tengan una duración igual o inferior a 10 horas lectivas. 200 € para aquellos cursos de duración comprendida entre las 11 y las 20 horas totales, y 300 € para todos aquellos cursos de duración superior a 20 horas lectivas.

Solicitada acreditación de los cursos a la Comisión de Formación Continuada de la CAM-SNS.

Organización

Coordinación: Rebeca Busto Durán-IRYCIS

Lugar

Hospital Universitario Ramón y Cajal - Pabellón Docente. Aula de Informática (planta 1ª)

Fechas/Horario

24 al 30 de junio; 1 y 2 de julio de 2020 
15:30 a 19:00 horas (21 horas lectivas)

Nº máximo de alumnos

25

Formulario de inscripción

* Los campos son obligatorios

Perteneces al IRYCIS*

Programa

 
Horario Contenido Profesorado
24/06
15:30-19:00

Introducción teórica de la imagen digital. Introducción Práctica del análisis con ImageJ/Fiji

  • ¿Qué es la imagen digital?
  • Imagen en color
  • Análisis de imágenes microscópicas con ImageJ/Fiji
  • Formatos de imagen biomédica con ImageJ/Fiji
  • Opciones de edición con ImagJ/Fiji
  • Ajustes y definición de escala en ImageJ/Fiji
Gloria Bueno
25/06
15:30-19:00

Preprocesado de la imagen

  • Realce de la imagen.
  • Operaciones aritméticas, lógicas y morfológicas aplicadas a la imagen.
  • Filtrado Espacial y Frecuencial: Reducción de ruido y suavizado de la imagen.
  • Análisis del color - unmixing

Técnicas de segmentación de imágenes

  • Detección de regiones de interés mediante análisis de características homogéneas.
  • Detección de contornos y bordes en regiones de interés.

Prácticas de preprocesado y segmentación con ImageJ/Fiji

Gloria Bueno
29/06
15:30-19:00

Caracterización de regiones

  • Cuantificación de regiones
  • Caracterización de regiones por textura, color, forma y otras características representativas.

Técnicas de registro o alineación de imágenes

  • Registro rígido de imágenes.
  • Registro deformable de imágenes.
Gloria Bueno
30/06
15:30-19:00

Instalación de macros y plugins de interés

  • Ajuste de escala en un stack y en un directorio con imágenes.
  • Autoenfoque automático.
  • Deconvolución de color.

Programación con macros

  • Definición de variables. Pasar de variables a comandos de ImageJ/Fiji.
  • Implementación de bucles y prácticas.
  • Medidas estadísticas en un stack.
  • Automatización de tareas con ImageJ/Fiji.
Gloria Bueno
01/07
15:30-19:00

Programación de macros avanzadas

  • Macros con archivos.
  • Macro Tools y Diálogos.
  • Extracción de imágenes de un stack
Gloria Bueno
02/07
15:30-19:00

Planteamiento y resolución de casos prácticos

  • Detección y caracterización geométrica y morfológica de vasos en imágenes histológicas.
  • Casos específicos planteados por los asistentes.
Gloria Bueno

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