Unidad de genómica traslacional
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Equipamiento
Laboratorio 1 - Zona de Preamplificación
- Chemagic Magnetic Separation Module I (Chemagic MSM I) (Chemagen, PerkinElmer)
- Espectrofotómetro Nanodrop 2000
- Bioanalizador Agilent 2200 TapeStation System
- Fluorímetro Qubit 2.0
- Varioskan LUX de Thermoscientific
- Congeladores -20 ºC
Laboratorio 2 - Zona de Postamplificación- 2 PCRs System 9700 de AppliedBiosystems
- VeritiPro 96-Well ThermalCycler de AppliedBiosystems
- Secuenciador MiSeq de Illumina
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Destacables
- Miembros de la Global Alliance for Genetics & Health (GA4GH) desde 2014
- Acuerdos de colaboración firmados con varias empresas tecnológicas, pertenecientes a ASEBIO (Asociación Española de Bioempresas), y con universidades públicas y privadas nacionales e internacionales.
- Docentes en cursos de Técnicas de Investigación Traslacional, Ciencias Ómicas y Técnicas de Secuenciación Masiva (NGS).
- Garantía de calidad en el almacenamiento y procesamiento de las muestras, manteniendo la trazabilidad de las mismas, seguimiento de protocolos normalizados de trabajo (PNTs). Plan de limpieza, mantenimiento y verificación del laboratorio y los equipos.
- Formación continua del personal del laboratorio.
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Cartera de servicios
**Se dispone de tarifas para todos los servicios. Consultar en la Unidad
Extracción de ácidos nucleicos - ADN *
Servicio Unidad Condiciones Extracción ADN de 2 ml de sangre_manual €/muestra o reacción 1 muestra Extracción ADN de 250 mg de heces_manual 1 muestra Extracción ADN de 5 ml de sangre_cabezal 12 1 muestra Extracción ADN de 400 ul de sangre_cabezal 96 96 muestras Extracción ADN de 2 ml de saliva_cabezal 12 Nº de muestras inferior a 12 unidades consultar tarifa (1) Extracción de ADN de sangre seca (papel 3,2 mm)_cabezal 96 Nº de muestras inferior a 96 unidades consultar tarifa (1) Extracción ADN de Tejido fresco 10 mg (tejido o células animales)_cabezal 12 Nº de muestras inferior a 12 unidades consultar tarifa (1) Extracción ADN de Tejido fresco 10 mg (tejido o células animales)_cabezal 96 Extracción ADN de Tejido FFPE 10 µm section_cabezal 96 Nº de muestras inferior a 96 unidades consultar tarifa (1) Extracción ADN (1,5 ml de cultivo bacteriano)_cabezal 96 Nº de muestras inferior a 96 unidades consultar tarifa (1) Extracción de ARN (1)
Servicio Unidad Extracción ARN de 2,5 ml de sangre en tubos PAX-gene_cabezal 12 €/muestra o reacción Extracción de ADN y ARN especiales Preguntar por otras tarifas: ADN de líquido amniótico, plasma, frotis bucal, ADN/ARN viral, etc. Análisis de ácidos nucleicos (1)
Servicio Unidad Condiciones Análisis de ADN alta sensibilidad por electroforesis capilar_Tape Station 2200 €/muestra o reacción Nº de muestras de 48 o más unidades consultar tarifa (1) Análisis de ADN amplio rango por electroforesis capilar_Tape Station 2200 Análisis de ADN genómico por electroforesis capilar_Tape Station 2200 Análisis de ARN alta sensibilidad por electroforesis capilar_Tape Station 2200 Análisis de ARN amplio rango por electroforesis capilar_Tape Station 2200
Cuantificación de ácidos nucleicosServicio Unidad Condiciones Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop) y por fluorimetría (Qubit 2,0) €/muestra o reacción Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop) Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop). Placa de 96 muestras. Nº mínimo de muestras = 48 Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop). Autoservicio (6) Cuantificación de ADN o ARN por fluorimetría_Qubit 2,0 Cuantificación de ADN o ARN por fluorimetría_Qubit 2,0. Placa de 96 muestras. Nº mínimo de muestras = 48 Cuantificación de ADN o ARN por fluorimetría_Qubit 2,0. Autoservicio (6)
Análisis bioinformático primario de datos de secuenciación Determinación molecular en fluidos biológicos
Secuenciación SangerServicio Unidad Secuenciación Sanger Tubo €/muestra o reacción Secuenciación Sanger Placa (48/96)
Generación de librerías para NGSServicio Generación de librerías (2) Metagenómica (secuenciación de ARNr 16S)
Generación de librerías para NGS + carrera de MiSeq (5)Servicio Carrera Kit v2 PE: 2X150pb (300 ciclos): ~30 millones de lecturas Carrera Kit v3 PE: 2X75pb (150 ciclos): ~50 millones de lecturas Carrera Kit v3 PE: 2X300pb (600 ciclos): ~50 millones de lecturas Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~8 millones de lecturas Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~2 millones de lecturas Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (500 ciclos): ~2 millones de lecturas Carrera en MiSeq (incluye cartucho y reactivos de carrera) (3) (5) Carrera Kit v2 PE: 2X150pb (300 ciclos): ~30 millones de lecturas Carrera Kit v3 PE: 2X75pb (150 ciclos): ~50 millones de lecturas Carrera Kit v3 PE: 2X300pb (600 ciclos): ~50 millones de lecturas Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~8 millones de lecturas Carrera Kit v2 Nano PE: 2X150pb (300 ciclos): ~2 millones de lecturas Carrera Kit v2 Nano PE: 2X250pb (500 ciclos): ~2 millones de lecturas
Carrera en MiSeq (sólo uso de equipo) (4)Servicio Carrera 150 ciclos Carrera 300 ciclos Carrera 600 ciclos
Generación de librerías para NGS + carrera NextSeq 550 (5)Servicio Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >400 millones de lecturas Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X75pb (150 ciclos): >400 millones de lecturas Carrera Kit v2 NextSeq Mid output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >130 millones de lecturas Carrera Kit v2 NextSeq Mid output PE: 2X75pb (150 ciclos): >130 millones de lecturas
Carrera en NextSeq 550 (incluye cartucho y reactivos de carrera) (3) (5)Servicio Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >400 millones de lecturas Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X75pb (150 ciclos): >400 millones de lecturas Carrera Kit v2 NextSeq Mid output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >130 millones de lecturas Carrera Kit v2 NextSeq Mid output PE: 2X75pb (150 ciclos): >130 millones de lecturas Carrera en NextSeq 550 (sólo uso de equipo) (4)
Servicio Carrera de 150 ciclos Carrera de 300 ciclos
Carrera en NovaSeq 6000 (1)Servicio Carreras desde 800 millones de lecturas
Arrays CGH (hibridación comparativa de genoma)Servicio Array CGH 60k Array CGH 180k-HD Array CGH 180k-SNP
MLPAServicio Unidad Condiciones MLPA €/muestra o reacción Para varias muestras consultar precio
Genotipado de microsatélitesServicio Análisis de microsatélites
CitogenéticaServicio Unidad Cariotipo €/muestra o reacción FISH
Varios (1)Servicio Controles de ADN genómico Real-time PCR/Discriminación alélica Otras determinaciones o estudios genéticos/genómicos
PrestaciónServicio Unidad Uso de termocicladores €/hora Purificación de producto de PCR mediante ExoSap €/muestra o reacción
AsesoríaServicio Unidad Diseño de experimentos /oligonucleótidos €/hora Asesoramiento técnico experimental €/hora
Análisis bioinformáticos (realizados por la UCA de Bioinformática) (1)Servicio Análisis secundarios y/o terciarios de los datos brutos NOTAS
- Consultar tarifas, ya que el coste base varía para cada aplicación y para cada experimento.
- Re secuenciación de paneles de genes humanos (PCRs usuario, PCRs multiplex, captura), RNAseq, genoma mitocondrial, genomas de microorganismos, virus gripe A, metagenoma 16S, aptámeros, miRNAs, etc.
- Reactivos de carrera + flowcell + uso de equipo.
- Sólo uso del equipo; el usuario aporta el cartucho y los reactivos para la carrera.
- SP: según presupuesto
- El autoservicio incluye uso del equipo siempre supervisado por personal de la Unidad