Genómica Traslacional y Bioinformática

Responsable

Luz Leticia Olavarrieta Scappini

Personal

Bioinformática

Dr. Val Fernández Lanza (responsable)

Genómica Traslacional

Dra. Leticia Olavarrieta (responsable)

Laura Rodríguez Fernández (TGS.Lab)

Miguel A. Llorente Artero (TGS. Lab)

Víctor M. de la Cueva García (TGS. Lab)

Juan J. Rebollo López (TGS.Lab)

Jaime Díaz Póveda (Invest. Colaborador)

Contacto

Bioinformátiica

bioinformatica(ELIMINAR)@irycis.org

Genómica Traslacional

+34 91 336 89 59
uca-gt(ELIMINAR)@irycis.org

  • Equipamiento

    Laboratorio 1 - Zona de Pre-amplificación

    • Chemagic Magnetic Separation Module I (Chemagic MSM I) (Chemagen, PerkinElmer)
    • Espectrofotómetro Nanodrop 2000
    • Bioanalizador Agilent 4150 TapeStation System
    • Fluorímetro Qubit 2.0
    • Varioskan LUX de Thermoscientific
    • Congeladores -80ºC y -20 ºC
    • Neveras 4ºC
    • Sistemas de control de temperatura y gestión de alarmas.
    • Lector de códigos bidimensionales TRACKER de los tubos de almacenamiento de muestras.
    • Aplicación web para el registro y trazabilidad de las muestras, y para la gestión del espacio de los almacenes (Bio-e-bank, VITRO)

    Laboratorio 2 - Zona de Post-amplificación

    • 2 PCRs System 9700 de AppliedBiosystems
    • VeritiPro 96-Well ThermalCycler de AppliedBiosystems
    • Secuenciador MiSeq de Illumina

    • Bioanalizador Agilent (Bioanalyzer Agilent 2100)
    • QuantStudio™ Absolute Q™ Digital PCR System – Infraestructura financiada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y los fondos Next Generation EU (IFEQ21/00175)

    Bioinformática

    • Servidor HPC para análisis NGS
    • Servidor GPU para aplicaciones AI/ML
    • Workstations de trabajo individual.
    • 3 Cabinas de almacenamiento de alta capacidad.
  • Destacables
    • Acuerdos de colaboración firmados con varias empresas tecnológicas, pertenecientes a ASEBIO (Asociación Española de Bioempresas), y con universidades públicas y privadas nacionales e internacionales.
    • Docentes en cursos de Técnicas de Investigación Traslacional, Ciencias Ómicas y Técnicas de Secuenciación Masiva (NGS).
    • Garantía de calidad en el almacenamiento y procesamiento de las muestras, manteniendo la trazabilidad de las mismas, seguimiento de protocolos normalizados de trabajo (PNTs). Plan de limpieza, mantenimiento y verificación del laboratorio y los equipos.
    • Formación continua del personal del laboratorio.
    • Clúster de computación principal con 32 cpu-cores y 526Gb de memoria RAM.
    • Cabina de almacenamiento de 40Tb y una conexión a internet de banda ancha con fibra óptica dedicada
    • Todos los IPs del IRYCIS pueden solicitar una cuenta en el servidor de forma gratuita
    • Todas las cuentas del personal interno del IRYCIS incluyen gratuitamente: 400 horas-core de computación por mes y 1Tb de almacenamiento.
    • Los descuentos no son acumulables entre distintas cuentas del mismo IP.
    • Cada IP del IRYCIS tiene derecho a una única cuenta con estos descuentos, cualquier cuenta extra que se solicite compartirá los descuentos de la cuenta principal.
  • Cartera de servicios

    A) GENÓMICA TRASLACIONAL

    1. Extracción de ácidos nucleicos (ADN)

    Extracción ADN de 2 ml de sangre_manual

    Extracción ADN de 250 mg de heces_manual

    Extracción ADN de FFPE_manual

    Extracción ADN de FFPE (DIN óptimo)_manual

    Extracción ADN de cultivo bacteriano_manual

            * Extracción ADN de cultivo bacteriano GRAM -

            * Extracción ADN de cultivo bacteriano GRAM +

            * Extracción ADN de cultivo bacteriano Staphylococcus

    Extracción ADN de orina_manual

    Extracción ADN de saliva_manual

    Extracción ADN varios tipos de muestras_manual

    Extracción ADN varios tipos de muestras (depleción de ADN humano)_manual

    Extracción ADN de heces_automático cabezal 12

    Extracción ADN de cultivo bacteriano_cabezal 16 **

       * *Extracción ADN Vazyme_cabezal 16 cultivo bacteriano GRAM -

       ** Extracción ADN Vazyme_cabezal 16 cultivo bacteriano GRAM +

       ** Extracción ADN Vazyme_cabezal 16 cultivo bacteriano Staphylococcus

    Extracción ADN Vazyme_cabezal 16 de saliva

    Extracción ADN Vazyme_cabezal 16 de sangre

    Extracción ADN Vazyme_cabezal 16 de heces

    Extracción ADN varios tipos de muestras_Chemagen

    1. Extracción de ARN

    Extraccion RNA Exosomas_manual

    Extracción ARN de leucocitos_manual

    Extracción ARN de FFPE_manual

    Extracción ARN de heces_manual

    Extracción ARN varios tipos de muestras_manual

    Extracción ARN de 2,5 ml de sangre en tubos PAX-gene_manual

    Extracción ARN de suero/plasma/células_manual

    Extracción ARN Vazyme_cabezal 16

    1. Extracción de ADN y ARN especiales

    * Preguntar por otras tarifas: ADN de líquido amniótico, plasma, frotis bucal, ADN/ARN viral, etc.

    1. Análisis de ácidos nucleicos

    Análisis de ADN  alta sensibilidad por electroforesis capilar_Tape Station 4150

    Análisis de ADN  amplio rango por electroforesis capilar_Tape Station 4150

    Análisis de ADN  genómico por electroforesis capilar_Tape Station 4150

    Análisis de ADN D5000 por electroforesis capilar_Tape Station 4150

    Análisis de ARN alta sensibilidad por electroforesis capilar_Tape Station 4150

    Análisis de ARN amplio rango por electroforesis capilar_Tape Station 4150

    1. Cuantificación de ácidos nucleicos

    Cuantificación de ADN o ARN  por absorbancia UV (Nanodrop) y por fluorimetría (Qubit 4,0)

    Cuantificación de ADN o ARN  por absorbancia UV (Nanodrop)

    Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop). Placa de 96 muestras

    Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop). Autoservicio (6)

    Cuantificación de ADN o ARN  por fluorimetría_Qubit 4,0

    Cuantificación de ADN o ARN  por fluorimetría_Qubit 2,0. Placa de 96 muestras

    Cuantificación de ADN o ARN  por fluorimetría_Qubit 4,0. Autoservicio (6)

    1. Cuantificación por Chip Bioanalyzer

    Cuantificación de ARN small (8)

    Cuantificación de ARN (8)

    Cuantificación de ADN (8)

    1. PCR digital

    Cuantificación absoluta de ácidos nucleicos (Cuantificación + placa + reactivos + sondas)(7)

    Cuantificación absoluta de ácidos nucleicos (NO sondas)(7)

    Cuantificación absoluta de ácidos nucleicos (servicio técnico + uso de  equipo)(7)

    Cuantificación absoluta de ácidos nucleicos (sólo uso de equipo)(7)

    Detección y cuantificación de patógenos

    Estudios de expresión génica

    Diseño de experimento PCR DIGITAL: Absolute Q™

    1. Secuenciación Sanger

    Secuenciación Sanger Tubo

    Secuenciación Sanger Placa (48/96)

    Secuenciación Sanger Tubo Custom

    1. Paneles dirigidos (NGS)

    Generación de librerías (2)

    1. Meta genómica (NGS)

    Meta genómica (secuenciación de ARNr 16S-18S e ITS)

    Metagenómica (secuenciación de ARNr 16S-18S e ITS).

    Meta genómica (secuenciación Completa de ARNr 16S-18S e ITS)

    Metagenómica (secuenciación de ARNr 16S-18S e ITS)_Indexado

    1. Whole Genome Sequencing (NGS))

    Whole Genome Secuencing. Microorganismos: 48 muestras (1/2 placa).

    Whole Genome Secuencing. Microorganismos: 96 muestras (1 placa).

    Whole Genome Secuencing. Microorganismos: 192 muestras (2 placas).

    Whole Genome Secuencing. Microorganismos: 288 muestras (3 placas).

    Whole Genome Secuencing. Microorganismos: 384 muestras (4 placas).

    Whole Genome Sequencing (custom)

    1. Transcriptoma-RNASeq (NGS)

    Transcriptoma: mRNA

    Transcriptoma: mRNA + lncRNA

    Transcriptoma: smallRNA-miRNA

    Metatranscriptoma: mRNA bacteriano

    1. Identificación de biomarcadores

    OLINK: qPCR: panel 48  (40 muestras)

    OLINK: qPCR: panel 96  (88 muestras)

    OLINK: Panel NGS 384  (88 muestras)

    OLINK: Panel NGS 3072  (88 muestras)

    OLINK: qPCR: panel 48  (40 muestras)

    OLINK: qPCR: panel 96  (88 muestras)

    Identificación de biomarcadores: NanoString en FFPE

    Identificación de biomarcadores custom (Olink; NanoString, etc.)

    1. Generación de librerías para NGS + carrera en MiSeq

    Carrera Kit v2 PE: 2X150pb (300 ciclos): ~30 millones de lecturas

    Carrera Kit v3 PE: 2X75pb (150 ciclos): ~50 millones de lecturas

    Carrera Kit v3 PE: 2X300pb (600 ciclos): ~50 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~8 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 Nano PE: 2X150pb (300 ciclos): ~2 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 Nano PE: 2X250pb (500 ciclos): ~2 millones de lecturas

    1. Carrera en MiSeq (incluye cartucho y reactivos de carrera) (3)

    Carrera Kit v2 PE: 2X150pb (300 ciclos): ~30 millones de lecturas

    Carrera Kit v3 PE: 2X75pb (150 ciclos): ~50 millones de lecturas

    Carrera Kit v3 PE: 2X300pb (600 ciclos): ~50 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~8 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 Nano PE: 2X150pb (300 ciclos): ~2 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 Nano PE: 2X250pb (500 ciclos): ~2 millones de lecturas

    1. Carrera en MiSeq (sólo uso del equipo) (4)

    Carrera 150 ciclos

    Carrera 300 ciclos

    Carrera 600 ciclos

    1. Generación de librerías para NGS + carrera en NextSeq 550

    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >400 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X75pb (150 ciclos): >400 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >130 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X75pb (150 ciclos): >130 millones de lecturas

    1. Carrera en NextSeq 550  (incluye cartucho y reactivos de carrera) (3)

    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >400 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X75pb (150 ciclos): >400 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >130 millones de lecturas

    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X75pb (150 ciclos): >130 millones de lecturas

    1. Carrera en NextSeq 550  (sólo uso del equipo) (4)

    Carrera 150 ciclos

    Carrera 300 ciclos

    1. Carrera en Novaseq PLUS

    Carreras desde 800  millones de lecturas

    1. Arrays CGH (Hibridación Comparativa de Genoma)

    Array CGH 60k

    Array CGH 180k-HD

    Array CGH 180k-SNP

    1. MLPA

    MLPA

    1. Genotipado de microsatélites

    Análisis de microsatélites

    1. Citogenética

    Cariotipo

    FISH

    1. Varios

    Controles de ADN genómico

    Purificación de producto de PCR mediante ExoSap

    Purificación de ADN por columnas

    Purificación de ADN por Magnetic AMPure XP Beads

    Real-time PCR/discriminación alélica

    Concentración de ácidos nucleicos por SpeedVac

    Otras determinaciones o estudios genéticos/genómicos

    1. Prestación

    Uso de termocicladores

    Cuantificación absoluta de ácidos nucléicos (Sólo uso de equipo)(6)

    Carrera en MiSeq (Sólo uso de equipo) (4) *

      * Carrera 150 ciclos

      * Carrera 300 ciclos

      * Carrera 600 ciclos

    Carrera en NextSeq 550 (Sólo uso de equipo) (4) *

      * Carrera 150 ciclos

      * Carrera 300 ciclos

    1. Asesoría

    Diseño de experimentos/oligonucleótidos

    Asesoramiento técnico experimental

    Puesta a punto de nuevos protocolos

    Soporte técnico y metodológico

    Formación en implementación de técnicas genómicas.

    B) BIOINFORMÁTICA

    1. Análisis bioinformáticos secundarios y/o terciarios de los datos brutos
     

    NOTAS

    (1) Consultar, ya que el coste base varía para cada aplicación y para cada experimento.

    (2) Resecuenciación de paneles de genes humanos (PCRs usuario, PCRs Multiplex, Captura), RNAseq, genoma mitocondrial, genomas microorganismos, virus gripe A, metagenoma 16S, aptámeros, miRNAs, etc.

    (3) Reactivos de carrera + flowcell + uso de equipo

    (4) Sólo uso del equipo; el usuario/a aporta el cartucho y los reactivos para la carrera.  

    (5) SP: según presupuesto

    (6) El autoservicio incluye el uso del equipo siempre supervisado por personal de la Unidad.    

    (7) Mínimo 4 muestras para correr un chip.

    (8) Mínimo 11 muestras para correr un chip.