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Detección e interpretación de resistencias genéticas a los principales fármacos antirretrovirales frente a VIH-1 de muestra directa mediante métodos genotípicos
Se realizará secuenciación del RNA viral (o DNA proviral) de los fragmentos correspondientes a los genes pol y env que codifican para las principales dianas de los fármacos antirretrovirales. Las secuencias genéticas obtenidas serán evaluadas por varios algoritmos de interpretación de resistencia a los antirretrovirales. Se podrá realizar el ensayo sobre muestras de: a) sangre completa; b) plasma; c) líquido cefalorraquídeo (LCR); d) sangre seca recogida en papel de filtro (DBS, dried blood spots) y d) células o tejidos infectados.
- Método de desarrollo interno, siguiendo las directrices de la Organización Mundial de la Salud (OMS). Recomendado cuando el volumen de muestra biológica obtenido es escaso (aprox. 100 µl o dos gotas).
- Método comercial con marcado CE. Más estandarizados y con mayor rapidez en la obtención de resultados. Requiere un volumen de muestra igual o superior a 0,5mL.
*Si la carga vírica no es previamente conocida se recomienda la determinación previa, pues el éxito de la secuenciación y posteriores análisis están condicionado por el nivel de virus circulante.
Cuantificación de la carga viral del VIH-1en plasma, LCR y DBS por técnicas comerciales
Versant kPCR de Siemens Healthcare v1.0 y/o Cobas ampliprep/Cobas TaqMan HIV-1 versión 2.0, Roche Molecular Diagnosis).
Reconstrucciones evolutivas desde una perspectiva filogenética.
Mediante los programas filogenéticos de NJ, phyMLBeast, Splittree, Mauve, Mesquite, Clonalframe, MrBayes, o RDP entre otros, se realizarán reconstrucciones evolutivas con diferentes grados de complejidad. Esta aproximación permitirá:
- Asignación/clasificación de secuencias genéticas por genotipos, linajes o filogrupos tanto en virus como VIH o VHC como en bacterias como E. coli o C. trachomatis.
- Análisis filogenético de un número elevado de secuencias procedentes de ensayos de secuenciación profunda (ver información adicional en la Unidad de Genómica Traslacional (UCA-GT).
- Relaciones evolutivas entre secuencias diferentes (inferencias o detección de eventos recombinación o intercambio genético).
- Caracterización molecular de brotes bajo una perspectiva filodinámica y filogeográfica que permitan definir las dinámicas de diseminación de las poblaciones víricas o bacterianas.
- Reconstrucciones de hipotéticos ancestros, en poblaciones víricas o bacterianas.
Formación práctica para la implantación de técnicas de Biología Molecular en VIH y gripe.
Elaboración de planes de formación individualizados (teóricos y/o prácticos) en el campo del VIH adecuados a las necesidades y al perfil de los clientes en el ámbito nacional e internacional. Entrenamiento y asesoramiento para su aplicación.
Servicios de consultoría en la elaboración de proyectos de investigación en el campo del VIH y Biología Molecular, así como en el diseño y puesta en marcha de laboratorios de investigación en Virología Molecular y cultivos virales.
